Varianti Covid19, come debellarle? Oracle e Oxford University unite nell'analisi dei big data

IL PROGETTO

Varianti Covid19, come debellarle? Oracle e Oxford University unite nell’analisi dei big data

Si punta al sequenziamento e all’esame genomico globale degli agenti patogeni. In campo la “potenza” del cloud e il lavoro del consorzio finanziato dal Wellcome Trust che include le agenzie di tutela della salute del Galles e dell’Inghilterra oltre all’Università di Cardiff

18 Mag 2021

Federica Meta

Giornalista

L’emergere di varianti più infettive del virus Covid-19 minaccia di rallentare la ripresa globale e, potenzialmente, di vanificare l’attuale immunità vaccinale. Per aiutare i governi e la comunità medica a identificare queste varianti e ad agire più velocemente, l’Università di Oxford e Oracle hanno creato un sistema di analisi globale degli agenti patogeni (Global Pathogen Analysis System, Gpas) che combina la piattaforma Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) di Oxford con la potenza di Oracle Cloud Infrastructure (Oci). Questa iniziativa sfrutta il lavoro di un consorzio finanziato dal Wellcome Trust che include le agenzie di tutela della salute del Galles e dell’Inghilterra oltre all’Università di Cardiff.

“Questo nuovo potente strumento consentirà agli scienziati e ai ricercatori di sanità pubblica, istituti di ricerca, agenzie di servizi sanitari e diagnostica di tutto il mondo di contribuire a una maggiore comprensione delle malattie infettive, a cominciare dal coronavirus – spiega Derrick Crook, professore di microbiologia nel dipartimento di medicina Nuffield dell’Università di Oxford – Il Sistema Gpas aiuterà a stabilire uno standard comune globale per assemblare le informazioni e analizzare questo nuovo virus, così come altre minacce microbiche per la salute pubblica. Questo aggiunge una nuova dimensione alla nostra capacità di elaborare i dati degli agenti patogeni. Siamo entusiasti di collaborare con Oracle per far progredire ulteriormente la nostra ricerca, grazie a questa piattaforma tecnologica all’avanguardia”.

Utilizzata inizialmente per la tubercolosi, la piattaforma SP3 è stata riproposta per unificare, standardizzare, analizzare e mettere a confronto i dati di sequenziamento di Sars-CoV-2, ottenendo sequenze genomiche annotate e identificando le nuove varianti e quelle preoccupanti. La capacità di elaborazione di SPè stata migliorata grazie all’esteso lavoro di sviluppo da parte di Oracle, che ha garantito un elevato livello di prestazioni e sicurezza, oltre alla disponibilità del sistema SP3 in tutto il mondo 7×24 su Oracle Cloud. Il sistema SP3 fornirà ora risultati completi e standardizzati delle analisi su Covid-19 entro pochi minuti dall’invio, su scala internazionale. I risultati saranno condivisi con i paesi di tutto il mondo in un ambiente sicuro.

“L’opportunità di compiere un esame sistematico delle varianti genetiche in una serie di patogeni porterà grandi benefici alla salute pubblica mondiale. Questo programma, con Oracle come partner, ci porta un passo più vicino all’obiettivo”,  commenta Sir John Bell, Regius Professor of Medicine all’Università di Oxford.

Unitamente alle estese funzionalità di machine learning di Oracle Cloud, gli scienziati, i ricercatori e i governi in tutto il mondo possono per la prima volta collaborare a elaborare, analizzare, visualizzare e agire su un’ampia raccolta di dati sul Covid-19 – compresa l’identificazione delle varianti di interesse e il loro potenziale impatto sull’efficacia del vaccino e della terapia. Per esempio, le dashboard di analisi nel sistema mostreranno quali ceppi specifici si stanno diffondendo più rapidamente di altri e se le caratteristiche genetiche contribuiscono a incrementare la trasmissibilità e la diffusione del vaccino. Oxford ha già elaborato metà delle sequenze di Sars-CoV-2 del mondo, pari a oltre 500.000 in totale.

“C’è un forte bisogno di cooperazione globale sul sequenziamento genomico e sull’esame del virus Covid-19 e di altri agenti patogeni – evidenzia Larry Ellison, fondatore, chairman e Cto di Oracle – Il sistema SP3 migliorato stabilirà uno standard globale per la raccolta e l’analisi dei dati dei patogeni, permettendo così ai ricercatori e ai medici di comprendere meglio il virus Covid-19 e altre minacce microbiche per la salute pubblica”.

Il prossimo passo sarà quello di estendere questo servizio a tutti gli agenti patogeni, collaborando contemporaneamente con scienziati di istituti di ricerca, agenzie per la salute pubblica e aziende private per garantire che questo lavoro possa supportare il processo decisionale sulle strategie di risposta alle pandemie in tutto il mondo.  Ricercatori e organizzazioni non-profit potranno utilizzare la piattaforma a titolo gratuito, in tutto il mondo.

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