La rapida diffusione della variante Delta, altamente contagiosa, rende più urgente la necessità di identificare le mutazioni di Covid-19. E’ in questo quadro che l’Università di Oxford e Oracle rafforzano la collaborzione e rilanciano sul e il Global Pathogen Analysis System (Gpas).
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Come funziona il Gpas
Il Global Pathogen Analysis System viene fornito come risorsa gratuita per aiutare a combattere il Covid-19 e altre minacce alla salute di tipo microbico.
Sviluppato utilizzando la Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) di Oxford, Oracle Apex e Oracle Cloud Infrastructure (Oci), il Gpas è una piattaforma cloud che fornisce un sistema unificato e standardizzato per analizzare e confrontare i dati di sequenza genomica della Sars-CoV-2. I ricercatori stanno usando il sistema per caricare i dati dell’agente patogeno e ricevere risultati completi in pochi minuti. Con il permesso dell’utente, i risultati possono essere condivisi con i laboratori partecipanti al programma in tutto il mondo, in un ambiente sicuro. Rendere questi dati comprensibili e condivisibili aiuterà le autorità sanitarie pubbliche a valutare e pianificare la loro risposta, dando loro una visione preziosa delle varianti emergenti anche prima che siano ufficialmente designate come varianti potenzialmente pericolose.
“Gpas è il primo servizio basato su standard di settore in tutto il mondo, e offre l’analisi standardizzata dei dati di sequenza per gli utenti in cloud – spiega Derrick Crook, professore di microbiologia del Dipartimento di Medicina Nuffield dell’Università di Oxford – Gli utenti saranno in grado di accedere, caricare ed elaborare i loro dati di sequenza completamente sotto il loro totale controllo e ricevere i dati completamente analizzati in appena 20 minuti dal caricamento andato a buon fine. Se scelgono di condividere i dati, contribuiranno alla dashboard dei dati globali che rivelano i cambiamenti quotidiani nel modo in cui la pandemia sta progredendo e come il virus sta cambiando. Questo permetterà una valutazione continua dell’andamento pandemico e aiuterà a guidare gli interventi nazionali e globali per contenere l’impatto del virus”.
“Quella contro il Covid-19 è una battaglia globale, eppure ai ricercatori è mancata l’infrastruttura tecnica per elaborare le sequenze grezze in modo rapido e sicuro e per condividere questi risultati in tutto il mondo – evidenzia il chairman e Cto di Oracle, Larry Ellison – Con Gpas, stiamo portando la potenza e la sicurezza del nostro cloud a qualsiasi ricercatore, in qualsiasi luogo per dargli modo di contribuire alla soluzione. Più dati forniscono le istituzioni mediche, gli Stati e gli accademici, più rapidamente possiamo capire e agire per anticipare il coronavirus”.
Assist ai ricercatori
Utilizzando la piattaforma, i ricercatori e gli Stati saranno infatti in grado di accedere rapidamente ai dati tempestivi e rilevanti di cui hanno bisogno per fare analisi scientifiche aggiornate e prendere decisioni di politica e sicurezza meglio informate riguardo alle nuove varianti. Nel quadro della loro collaborazione con il Global Health Security Consortium (Ghsc), inoltre, il “Lawrence J. Ellison Institute for Transformative Medicine” (“Ellison Institute”) e il “Tony Blair Institute (Tbi) for Global Change” hanno lavorato in coordinamento con Oxford e Oracle per sostenere lo sviluppo della piattaforma e per metterla a disposizione dei ricercatori di tutto il mondo.
“La totale impreparazione del nostro mondo per la pandemia di Covid-19 ha evidenziato la necessità di lavorare in modo diverso per identificare soluzioni che siano pragmatiche e in grado di scalare di fronte alle sfide – sottolinea il dottor David B. Agus, membro del Ghsc e ceo dell’Ellison Institute – Gpas è un elemento chiave nell’infrastruttura globale dei dati per avere un sistema di sorveglianza e allarme rapido, a livello mondiale”.
“Sappiamo fin troppo bene che i virus non rispettano i confini ed è per questo che dobbiamo adottare un approccio globale e unificato per contenere questa pandemia – Tony Blair, Executive Chairman del Tbi ed ex primo ministro britannico – Questa piattaforma prevede di poter raccogliere i dati molto più rapidamente, aiutandoci a capire meglio e ad anticipare i modelli di diffusione più in fretta, in modo che gli Stati possano prendere decisioni politiche migliori e mitigare l’impatto devastante che questo virus continua a infliggere nei singoli Paesi e in tutto il mondo”.
Tra le istituzioni che utilizzano la piattaforma ci sono già il Centro di ricerca dell’Università di Montreal, l’Istituto di ricerca sulla salute pubblica del Cile, l’Unità di ricerca clinica dell’Università di Oxford in Vietnam, l’Istituto di patologia clinica e ricerca medica del Nuovo Galles del Sud, e la Oxford Nanopore Technologies. Il Gpas fa anche parte della nuova piattaforma di valutazione delle varianti creata dal Servizio Sanitario nazionale inglese.
